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1. 化学结构
ASO是单链，siRNA是双链。
2. 作用机制
ASO通过以下方法施展作用：通过RNase H降解靶mRNA；通过空间位阻滋扰mRNA功效；影响mRNA剪切；作用于miRNA。
siRNA主要通过RISC复合体降解mRNA。
3. 施展药效的细胞空间
RNase H在胞质和胞核中都有活性，因此ASO可以在胞质和胞核中施展作用。RISC复合体仅在胞质中保存，因此siRNA主要在胞质中施展作用。
4. 药效作用长期性及是否可放大
RISC复合体可以重复作用于靶标mRNA，因此siRNA的药效更长期。
siRNA被释放的正义链或被降解，也可作为引物，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下，以靶mRNA为模板扩增获得dsRNA。dsRNA又被Dicer酶降解成siRNA，进入RNA滋扰循环，从而实现药物效果的级联放大。
5. 清静性/毒性
ASO的毒性通常大于siRNA。ASO的肝、肾毒性比siRNA更严重，且ASO还保存血小板镌汰的危害（这与ASO的结构及作用机制相关）。
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