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1、化学结构的区别
ASO是单链，而siRNA是双链。
2、作用机制的区别
ASO或通过RNase H降解靶mRNA，或通过空间位阻滋扰mRNA功效，siRNA则主要通过RISC复合体降解mRNA。
3、施展药效的细胞空间
RNase H在胞质和胞核中均有漫衍，因此ASO可以在胞质和胞核中施展作用。然而，RISC仅保存于胞质中，故siRNA仅在胞质中施展作用。
4、药效作用长期性以及是否可以放大
RISC可重复作用于靶标mRNA，因此siRNA的药效更为长期。
别的，siRNA的正义链在被释放或降解后，可作为引物，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下，以靶mRNA为模板扩增获得dsRNA。dsRNA随后被Dicer降解成新的siRNA，进入RNA滋扰循环，从而实现药物效果的级联放大。
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